Dirigée par le Vatican, elle a été créée pour combattre le comte millénaire et les siens.
L'organisation est divisée en 6 sections, chacune dirigée par un chef d'équipe :
la section de recherche, la section médicale, la section scientifique, la section correspondance,
la section gestion et la section des affaires étrangères.
- Les Grands Maréchaux :
ils sont au nombre de cinq et dirige la congrégation.
- Les Maréchaux :
ils sont indépendants et là pour former les exorcistes.
il y a cinq maréchaux :
- le maréchal Marian Cross qui est le maître de Allen Walker
- le maréchal Froi Tiedoll qui est le maître de Yû Kanda, Marie Noise et Daysia Barry (mort)
- le maréchal Winters Sokaro qui est le maître de Suman Dark (mort, rejeté par son innocence), Kazana Reed (mort) et Chakar Rabon (mort)
- la maréchal Cloud Nine qui est le maître de Tina Spark (mort(e)), Gwen Furell (mort(e)) et Seal Gellen (mort)
- le maréchal Kevin Yeegar (mort)
- Le Grand Intendant :
c'est Komui Lee l'intendant de la congrégation.
il confie les missions aux exorcistes, et gère l'organisation au quotidien.
- Les Exorcistes :
ils ont pour missions de combattre les Akuma et de récupérer les 109 Innocences.
La Congrégation de l'ombre est aussi aidé par les "Ailes de soutiens",
ce sont des sortes de mini-congrégations dispersés à travers le monde :
- Asie
- Moyen-Orient
- Afrique
- Amérique du Nord
- Amérique du Sud
- Océanie